Der überarbeitete Seat Cordoba (intern: 6K-GP01) kam im Sommer 1999 zu den Händlern.

Ähnlich wie beim 1993 präsentierten Modell gab es die zwei- und viertürigen Stufenhecklimousinen sowie den fünftürigen Kombi mit dem Zusatznamen Vario. Die Ausstattungslinien wurden umbenannt und hießen nun Stella, Signo, Freeze sowie Sport. Zusätzlich gab es noch die zweitürigen Sportversionen mit 1,9 l TDI (110 PS) und als „Cupra“ mit 1,8 T (156 PS).

Im Herbst 2002 wurde ein komplett neues Modell vorgestellt, dass den mittlerweile neun Jahre alten Cordoba 6K ablöste.

08/1999: Große Modellpflege (6K GP01). Neue Front- und Heckpartie sowie geändertes Cockpit. 1,8 T (156 PS) statt 2,0 16V (150 PS); 1,9 SDI überarbeitet, jetzt mit 68 statt 64 PS.
05/2000: 1,4 16V (75 PS) statt 1,6 l (75 PS) und neuer 1,8 T (156 PS)

Seat Cordoba (1993-1999)

Seat Cordoba (2002-2008)