Im Jahre 1995 wurde der etwas überholt aussehende 4Runner nochmals deutlich überarbeitet. Während der Übergang von der ersten zur zweiten Generation die Fertigungsqualität und die Sonderausstattungen im Wesentlichen auf dem gleichen Niveau wie bei den anderen mittelgroßen SUV hielt, markiert die Einführung der dritten Generation die Hinwendung zu mehr Luxus. Der Nissan Pathfinder machte diese Entwicklung mit, aber die beiden waren ab diesem Zeitpunkt in einer ganz anderen Klasse wie ihre bisherigen Wettbewerber Ford Explorer, Chevrolet Blazer und Isuzu Rodeo. Optisch sah die dritte Generation des 4Runner der zweiten recht ähnlich.

Diese Ähnlichkeit beschränkte sich aber definitiv auf die Optik. Grundkonstruktion und Konzept wurden übernommen, aber vollkommen neu mit einer neuen Karosserie und einem neuen Fahrwerk interpretiert. Diesmal hatte die Technik nichts mehr mit dem Pickup zu tun, von dem der 4Runner ursprünglich abstammte, sondern eher mit dem Land Cruiser Prado, von dem das Fahrwerk verwendet wurde.

Auch hatte die dritte Generation des 4Runner neue Motoren zu bieten, wie sie auch in der ersten Generation des Pickups Tacoma installiert waren:

Ein 2,7-Liter-R4, Typ Toyota 3RZ-FE, ersetzte den alten 2,4-Liter-R4 vom Typ 22R-E. Er lieferte 150 bhp (110 kW) Leistung bei 4800 min−1 und ein maximales Drehmoment von 240 Nm bei 4000 min−1.
Ein 3,4-Liter-V6, Typ Toyota 5VZ-FE, ersetzte den alten 3,0-Liter-V6 vom Typ 3VZ-E. Er lieferte 183 bhp (135 kW) Leistung bei 4800 min−1 und ein maximales Drehmoment von 294 Nm bei 3600 min−1.
1996 wurde der 4Runner in Großbritannien aus dem Verkauf genommen und durch den Land Cruiser Prado ersetzt, der als ‘’Toyota Land Cruiser Colorado’’ angeboten wurde.

Die wesentlichen Änderungen bei der dritten Generation gegenüber der zweiten sind eine längere Karosserie auf einem längeren Fahrgestell, mehr Innenraum, mehr Gepäckraum, Airbags für Fahrer und Beifahrer, ABS, normale, oben angeschlagene Heckklappe, Schraubenfedern rundum, Zahnstangenlenkung und aerodynamisch in die Karosserie eingefügte Scheinwerfer mit Glasabdeckung. Zusätzlich hatten die Hilux-Surf-Modelle von Anfang an 16-Zoll-Felgen und bekamen erstmals ein Zentraldifferenzial für den Allradantrieb, das Fahren in schwerem Gelände ohne Komplikationen ermöglichte. Das bisherige System behielt man, um weiterhin ein Umschalten von Hinter- auf Allradantrieb unter Last zu ermöglichen.

1997 wurde der 4Runner nur in einigen kleineren Punkten überarbeitet; so wurde z. B. die Gepäckraumabdeckung passend zu den Außenfarben geliefert.

1998 blieb der 4Runner weitgehend unverändert außer einigen Änderungen in der Elektronik: Es gab neue Schalter und ein neu entworfenes Vierspeichenlenkrad, das auch Änderungen am Airbagsystem erforderte.

1999 wurden sowohl kosmetisch als auch bezüglich der Innenausstattung überarbeitet. Sie bekamen Stoßfänger mit „fetter Lippe“ und Scheinwerfer mit Mehrachs-Parabolcharakterisitik, Projektions-Nebellampen und modernisierte Positions- und Blinklichter. Bei den Modellen Limited und Highlander (später: Sport Edition) wurden die Trittbretter, Front- und Heckstoßfänger und die Spritzlappen in Wagenfarbe geliefert. Die Bedienung wurde komplett neu arrangiert, wobei die Bedienelemente für das Heckfenster und die Heizung in der Mitte des Armaturenbrettes landeten. Die Limited-Modelle erhielten eine ganz neue elektronische Temperaturkontrolleinheit und eine verbesserte Stereoanlage.

2001 erhielt der 4Runner transparente Kalotten für die Heckleuchten und einen neuen Kühlergrill. Die Räder bekamen Fünfspeichenfelgen. Auch die Limited-Modelle bekamen neue Fünfspeichenfelgen, aber andere als das Basis- und das SR5-Modell. Es gab auch neue, schlankere Außenspiegel. Auch die Basis- und SR5-Modelle des 4Runner bekamen neue Bedienelemente für die Klimaautomatik mit drei Hebeln und zwei Knöpfen im Gegensatz zu den zwei Schiebereglern und den zwei Knöpfen der Vorgängermodelle. Alle wurden 2001 serienmäßig mit Elektronischer Stabilitätskontrolle (ESP) ausgestattet.

Toyota 4Runner (1989-1995)