Am 10. November 2005 startete die neue Generation des Magentis, die sich äußerlich stark von der vorherigen Modellgeneration unterschied. Auch die Unterschiede zum Parallelmodell Hyundai Sonata sind offensichtlicher und werden durch eine separate Plattform unterstrichen. Diese hat einen längeren Radstand und vorn eine MacPherson- anstelle der Doppelquerlenkerradaufhängung des Sonata.

Der Magentis wurde mit einem 2,0-l-Vierzylinder-Motor mit 106 kW (144 PS), einem 2,4 l mit 118 kW (160 PS, nicht in Europa) und einem 2,7 l V6 mit 138 kW (188 PS, nur mit Automatikgetriebe) und erstmals auch mit einem 2,0-l-Common-Rail-Dieselmotor mit 103 kW (140 PS) angeboten. Die Sicherheitsausstattung wurde auch verbessert, so dass der Magentis nun über sechs Airbags, ABS und ESP serienmäßig verfügt. Im EuroNCAP-Crashtest erhielt er vier von fünf möglichen Sternen.

Das im Juni 2008 in Korea vorgestellte und ab Januar 2009 auch in Deutschland erhältliche Modell gewann im Rahmen einer Überarbeitung 8 cm an Außenlänge und erhielt eine neu gestaltete Front- und Heckpartie sowie den von Peter Schreyer entworfenen, markentypischen „Tiger Nose“-Kühlergrill. Ausstattungsseitig sind in manchen Märkten nun LED-Rückleuchten, Lenkrad-Schaltwippen und in der jeweiligen Topausstattung ein Smart Key zum schlüssellosen Einstieg in das Fahrzeug verfügbar.

Das überarbeitete Modell wurde zunächst auf der New York International Auto Show im März 2008 gezeigt und verfügt über neue Optionen wie z. B. einen Startknopf. Die Leistung des 2,4-l-Vierzylinders wurde von 120 kW auf 129 kW bei gleichzeitig geringerem Verbrauch gesteigert. Auch der V6-Motor wurde leicht überarbeitet und seine Leistung auf 142 kW gesteigert. Bis auf Smart Key und Schaltwippen wurden die Neuerungen im koreanischen Markt bereits 2007 für das alte Außendesign eingeführt.

Im Sommer 2010 wurde die Produktion des Magentis der zweiten Generation eingestellt.

Kia Magentis (2000-2005)