Ab Juni 1999 startete die Produktion des Bongo SK. Es handelt sich dabei um eine stark überarbeitete SE Plattform. Trotz teilweiser Ähnlichkeit mit dem Vorgänger sind andere Karosserieteile verbaut, vor allem um die Crashsicherheit zu verbessern. Das Leergewicht der Wagen wird mit 1360–1600 kg angegeben.

Das Pritschenwagenmodell trägt seither das Kürzel SKF. Der 1,8-Liter-Benzin- und 2,2-Liter-Dieselmotor wurde in der Leistung und den Abgasemissionen verbessert. Anfänglich waren je nach Modell Fahrerairbag und Antiblockiersystem optional oder serienmäßig verbaut. Optional waren auch wieder Automatikgetriebe und Allradantrieb erhältlich.

Im Dezember 2003 wurden die Dieselmotoren auf Common-Rail-Einspritzung umgestellt und die Leistung des 1,8-Liter-Benzinmotors wurde nochmals erhöht auf nun eine maximale Leistung von 95 PS. Fahrerairbag und ABS sind seither in allen Modellen enthalten.
Im August 2007 wurden Dieselpartikelfilter zur Erfüllung der Umweltnormen eingeführt. Auch bei den LKW-Modellen waren nun elektrische Fensterheber und Zentralverriegelung Serienstandard.
Im August 2010 erfolgte eine Überarbeitung. Der 1,8-Liter-Benzinmotor, der in Europa im Mazda MX-5 zum Einsatz kommt, ersetzte den bisherigen 1,8-Liter-Motor. Eine große Mittelarmlehne und bessere Materialien verbesserten den Komfort. Die Ladehöhe sank auf 45 mm, elektrische Außenspiegel und Beifahrerairbag gehören seither ebenfalls zur Standardausstattung.

Mazda E-Serie (Bongo) (1983-1999)