Im Januar 1998 präsentierte Mazda die zweite Generation des MX-5 (Produktions-Code NB). Es wurden stärkere Motoren angeboten: der 1,6-l-Motor leistete 81 kW (110 PS), der 1,8-l-Motor 103 kW (140 PS).

1999 feierte Mazda mit einer auf 7500 Exemplare weltweit limitierten Auflage das 10-jährige Jubiläum des MX-5. Dieses 10th Anniversary-Modell hatte einige Besonderheiten, wie beispielsweise ein Sechs-Gang-Getriebe, Bilstein-Stoßdämpfer, eine Domstrebe zwischen den vorderen Federbeindomen, hochglanzpolierte Fünf-Speichen-Enkei-15 Zoll-Leichtmetallfelgen und eine Motorleistung von 103 kW (140 PS). Es wurde nur in Saphirmetallicblau hergestellt. Die Seriennummer befindet sich auf einer Plakette an der linken Fahrzeugseite unterhalb des Seitenblinkers. Das Vinyldach war ebenfalls blau. Auch hier gab es Lenkrad und Schaltknauf von Nardi. Die Höchstgeschwindigkeit dieses Modells wurde in den Zulassungspapieren mit 206 km/h angegeben.

Im Dezember 2000 erfuhr der MX-5 ein Facelift (intern NB-FL), was an geringfügigen Modifizierungen an Front und Heck sowie einen leicht veränderten Innenraum erkennbar war. Außerdem gab es nun eine Automatikvariante mit 102 kW (139 PS), wobei der Wagen mit Schaltgetriebe auf 107 kW (146 PS) kam.

Der Mazda MX 5 wurde in Asien sowie in den USA auch für kurze Zeit als Mazdaspeedversion mit einem 1,8l 16v 4-Zylinder-Motor mit Abgasturbolader angeboten.

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